Až do roku 2000 byla škola zřizována Ministerstvem školství, mládeže a tělovýchovy v Praze. V roce 2000 přešla pod nového zřizovatele – Liberecký kraj. Spádovou oblastí pro přijímání žáků již není region bývalého Severočeského kraje, ale pouze kraj Liberecký. To mělo vliv na postupný, ale trvalý pokles počtu žáků se sluchovou vadou. Novým trendem se stala integrace žáků se sluchovým postižením do běžných škol, proto se škola začala zaměřovat i na vzdělávání žáků s nedostatečnou komunikační schopností. Od tohoto roku začíná zřizování samostatných tříd pro tyto žáky.

V roce 2003 vystřídala Věru Havlínovou ve funkci ředitelky mateřské školy paní Hana Hanzalová. V roce 2005 byla dokončena nová budova mateřské školy přímo v areálu školy v ulici Elišky Krásnohorské a komplex budov získal svou současnou podobu. V budově školky se nachází speciálně pedagogické centrum pro klienty s narušenou komunikační schopnosti – vadami řeči a pro děti, žáky, studenty se sluchovým postižením.

1. ledna 2013 dostala škola svůj současný název - Základní škola a mateřská škola logopedická, Liberec. Poprvé v historii školy tak není v názvu informace o tom, že vzděláváme i děti a žáky se sluchovou vadou.

Dlouholetého ředitele školy, který se významně zasloužil o vybudování a neustálou modernizaci areálu školy, Miloslava Janečka vystřídal ve funkci v září 2016 Mgr. Jakub Karásek.

V průběhu let jsme sídlili v několika budovách, mnohokrát se obměnil pedagogický sbor, kterému prošly rukama stovky žáků. I v budoucnu chceme navazovat na více, než šedesátiletou tradici a poskytovat všem našim dětem, které nemohou být vzdělávány v běžných školách, kvalitní vzdělání i podnětné a klidné prostředí. Naším cílem je připravit žáky na vstup do aktivního života tak, aby dokázali využít svůj potenciál a vedli naplněný a spokojený život.

V celé historii školy ukončilo školní docházku k 30. 6. 2018 celkem 763 absolventů.